# 图像重采样、配准等

虽然最开始接触MRI处理就学习了图像的配准（SPM的一步法、两步法配准），但是一直不能完全理解这一过程，很多时候无法得到自己想要的结果，也不知道如何配准是较优的。故在此记录学习过程中遇到的一些问题和经验。

另外，对于概念的理解不清也是疑惑的原因。主要是理解templete和space

## 重采样（Resample）

之前自己遇到的重采样问题：[求问关于图像重采样的问题](https://act-ask.cn/t/topic/484)。针对CNN图像分割需要将输入图像转换为和模型中输入图像分辨率一致的情况。

同一个空间（space）代表了图像所在的空间区域是一致的。比如说同样是MNI 152空间的.nii文件，他们的维度不一定是一样的，但是用MRIcron等软件打开，他们应该是能够对齐的。这里需要注意的问题是：用Atlas进行图像ROI提取时，要注意Atlas和图像的维度是否一致，例如DPABI的功能就要求mask的维度和图像是一致的，而neuromaps的提取ROI功能就提供了fit_transform函数，可以直接提取MNI152空间的ROI。

## 配准（Registration/Normalization）

FSL + ANTs配准（[MRI数据处理: flirt与ants用于图像配准（刚性与弹性配准）](https://zhuanlan.zhihu.com/p/511637804)）

ANTs：antsRegistration参数介绍（[ANTs Registration - Quantitative-Physiological-Imaging-Lab/documentation GitHub Wiki](https://github-wiki-see.page/m/Quantitative-Physiological-Imaging-Lab/documentation/wiki/ANTs-Registration)）

mark：DWI配准的问题（https://community.mrtrix.org/t/registration-template-to-dwi-image/7939/2）